TWNIC設董監事會，另視業務之需要，設置『網域名稱委員會』、『IP位址及網路協定委員會』、『國際事務委員會』及『網路安全委員會』負責協助政策擬定及提供諮詢建議，各委員會下得依需要設置各種工作小組。
TWNIC內部之服務部門，主要有『網域名稱服務組』、『網址及協定服務組』、『國際事務暨公共關係服務組』、『技術組』以及『行政組』，分別掌管網域名稱、IP位址與AS Number申請、國際事務與公眾事務溝通、系統建置與維護、以及業務會議與行政相關事宜。
台灣網路資訊中心之組織架構，如下圖例所示。
組織結構
其他委員會
Other Committees
網域名稱服務組
Dept. of Domain Name Service
網址及協定服務組
Dept. of Internet Resource Service
國際事務暨公共關係組
Dept. of International Affairs and Public Relations Service
技術組
Dept. of Technology
行政組
Dept. of Administration
網安資訊組
Dept. of Cyber Security